Unter dem Begriff »Pflanzenschutz« versteht man zum einen den protektiven Schutz, also das Bemühen, Pflanzen vor Krankheiten und Parasiten zu bewahren als auch die kurative Tätigkeit, also die Heilung befallener Pflanzen.
Während der protektive Schutz eines Bonsai sich in der Regel auf die Auswahl des richtigen Standortes als auch eine artgerechte Pflege beschränkt, fällt dem kurativen Bemühen ein weitaus höherer Stellenwert zu.
Trotz bester Pflege kann es vorkommen, daß ein Bonsai von Parasiten befallen wird. Nun ist guter Rat teuer. Direkt nachdem ein Befall erkannt wird, sollte eine möglichst exakte Diagnose gestellt werden. Der Fachhandel ist dabei behilflich. Anschließend gilt es, Informationen zum Schadorganismus einzuholen und eine entsprechende Behandlung zu beginnen. Oftmals wird der Griff zu einem chemischen Pflanzenschutz-Mittel der richtige Weg sein.
Als Schadorganismen kommen besonders Insekten in Frage, welche unseren Bonsai als neuen Lebensraum erkoren haben und hier ihren Hunger stillen wollen. Zum einen können Insekten Pflanzenteile wie Blätter einfach fressen, man denke nur an die gefräßigen Heuschrecken, welche in Schwarmstärke ganze Landstriche vollständig ›entgrünen‹ können. Aber auch das Saugen von Pflanzensaft, wie es zum Beispiel Blattläuse machen, stellt eine erhebliche Belastung der befallenen Pflanze dar.
Auch Pilze wie Schlauchpilze (Echter Mehltau) und Eipilze (Falscher Mehltau) können erhebliche Schäden an befallenen Pflanzen anrichten. Verschiedene Pilze können als Parasiten auf Blättern oder gar in den Pflanzensaft führenden Leitungsbahnen existieren und sich von den Nährstoffen ernähren, welche ursprünglich dem Eigenbedarf der Wirtspflanze dient.